El Departamento dispone de 9 laboratorios de investigación y docencia, seis de los cuales prestan servicios a los alumnos de diversas carreras, en especial a los pertenecientes a las carreras de Químico Laboratorista, Ingeniería Agronómica, Enfermería, Ingeniería en Alimentos, Pedagogía en Química y Ciencias Naturales y a los alumnos del Programa de Licenciatura en Química. En el equipamiento mayor se destacan:

• Espectrofotómetro de Absorción Atómica.
• Espectrofotómetro de Absorción Molecular: Visible.
• Espectrofotómetro de Absorción Molecular: UV-Visible.
• Espectrofotómetro de Absorción Molecular: Infrarrojo.
• Cromatógrafo líquido de Alta Presión.
• Cromatógrafo de gases.

Los laboratorios son los siguientes:

Laboratorio de Química General: cuenta con una habilitación completa para los fines de docencia del Primer Año. Dispone de redes de agua y gas, sistemas de evacuación de desechos líquidos y extracción de gases mediante campanas adecuadas. Posee el equipamiento, bienes fungibles y mobiliario acordes con un buen servicio docente.

Laboratorio de Química Analítica: se halla provisto de instrumental especializado, tales como estufas, balanzas de precisión, muflas, etc., además de equipamientos idéntico al del Laboratorio de Química General.

Laboratorio de Química Orgánica: dispone del instrumental apropiado para el trabajo con compuestos orgánicos, como por ejemplo, identificación y síntesis de compuestos orgánicos. Asimismo, está completamente habilitado con su correspondiente mobiliario y redes de gas y agua.

Laboratorio de Físico Química: se encuentra habilitado para impartir docencia experimental en forma adecuada. Dispone de instrumental para el estudio de los principios termodinámicos y cinéticos que gobiernan esta disciplina científica.

Laboratorio de Química Inorgánica: cuenta con equipamiento destinado a la docencia experimental e instrumental apropiado para el estudio de los compuestos inorgánicos representativos.

Laboratorio de Ciencias Aplicadas - Alimentos y Suelos: se encuentran acondicionados para realizar estudios en las áreas de química de los alimentos y suelos, junto a otras tareas del trabajo científico general.

Laboratorio de Instrumentación: dotado con el instrumental mayor y que permite el desarrollo de las actividades prácticas de las asignaturas de Química.

Además del trabajo de clases, todos estos laboratorios, y los restantes también, son utilizados por el cuerpo académico del Departamento para el desarrollo de sus actividades de investigación y de prestación de servicios a otras unidades o al medio externo.