La Universidad de La Serena está estructurada en órganos de Gobierno Superior, órganos de Gobierno de las Facultades, órganos de los Gobiernos de los Departamentos y en Organización Académica.

La más alta autoridad colegiada de la Corporación es la Junta Directiva.

El gobierno y la administración serán ejercidos por el Rector, sin perjuicio de las atribuciones y responsabilidades que le competen a la Junta Directiva.